O castelo original foi construído em inícios do século XIII,

 como uma defesa contra viquingues.^[1] Ainda no século XIII,

tornou-se uma fortaleza do clã Mackenzie de Kintail (posteriormente,

 condes de Seaforth). Em 1511, o clã Macrae, como protetores dos Mackenzies, herdou o castelo.

Em 1539, Iain Dubh Matheson, chefe do clã Matheson,

 morreu na defesa do castelo contra o clã MacDonald of Sleat,

em aliança aos Macraes e aos Mackenzies.

Em abril de 1719, o castelo foi ocupado por tropas espanholas

 que tentavam iniciar uma nova revolta jacobita. O castelo foi,

todavia, recapturado e então demolido por três fragatas da real marinha, em maio de 1719.

As tropas espanholas foram derrotadas um mês depois, na batalha de Glen Shiel.

O castelo foi restaurado entre 1919 e 1932, pelo tenente-coronel John Macrae-Gilstrap.

A restauração incluiu a construção de uma ponte arcada a fim de oferecer

um acesso mais fácil à ilha. Em 1983, a Conchra Charitable Trust foi fundada

pela família de Macrae para cuidar do castelo.

Uma curiosidade é que Eilean Donan possui uma das duas únicas escadas

 em espiral para canhotos situadas em castelos na Grã-Bretanha,

visto que o rei do tempo da construção do castelo era canhoto.

 Outras curiosidade são um canhão cinza da Grande Guerra,

situado fora da construção, e um memorial aos Macraes mortos durante esse confronto.

Atualmente, Eilean Donan é o lar do clã Macrae. Em 2001,

 a ilha tinha uma população de apenas uma pessoa.