A estória gira em torno de dois deuses: Cosmos, a deusa da harmonia, e Chaos, o deus da discórdia. Os dois têm estado num eterno conflito com o "Mundo B", uma dimensão-espelho do "Mundo A", onde o primeiro Final Fantasy se passa, invocando diversos guerreiros de outros mundos da série principal para batalhar num ciclo sem fim de morte e renascimento até encontrar o equilíbrio, sendo necessário derrotar Chaos.
Cosmos dá a dez guerreiros a tarefa de trazer de volta os dez cristais que ajudarão a derrotar Chaos. Os heróis, então, iniciam uma jornada chamada Destiny Odissey ("Destino da Odisséia), por onde suas respectivas estórias são recontadas e intercaladas com outras. Durante a jornada, os heróis encontram seus vilões originais, derrotando-os e reobtendo seus cristais
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