Em 1569, fundou a povoação de Reritiba (atual Anchieta), no Espirito Santo. De 1570 a 1573, dirigiu o Colégio dos Jesuítas do Rio de Janeiro. Em 1577, foi nomeado Provincial da Companhia de Jesus no Brasil, função que exerceu por dez anos, sendo substituído em 1587, a seu pedido. Antes, porém, teve de dirigir o Colégio dos Jesuítas em Vitória, no Espírito Santo.
Em 1595, obteve dispensa dessa função e retirou-se para Reritiba, sua querida aldeia no Estado do Espírito Santo, cidade que hoje leva o seu nome onde faleceu em 9 de junho 1597. Aos 63 anos de idade, terminava sua travessia por este mundo o incansável missionário José de Anchieta.
"Virgem Maria, Mãe de Deus e nossa Mãe,
ao vosso Coração Imaculado nos consagramos,
em ato de entrega total ao Senhor.
Por Vós seremos levados a Cristo.
Por Ele e com Ele seremos levados ao Pai.
Caminharemos à luz da fé e faremos tudo
para que o mundo creia que Jesus Cristo
é o Enviado do Pai.
Com Ele queremos levar o Amor e a Salvação até
aos confins do mundo.
Sob a proteção do vosso Coração Imaculado
seremos um só povo com Cristo.
Seremos testemunhas da Sua ressurreição.
Por Ele seremos levados ao Pai, para glória da
Santíssima Trindade, a Quem adoramos,
louvamos e bendizemos.
Amém."
— CONSAGRAÇÃO AO IMACULADO CORAÇÃO DE MARIA