O jovem e doente jesuíta havia já professado seus votos de pobreza, castidade e obediência perpétuas e naquelas terras, tomava consciência de que era finalmente um missionário. Em menos de um ano, dominava o tupi com perfeição.
Tendo assimilado perfeitamente as tradições e valores locais, ensinava os preceitos cristãos utilizando celebrações musicadas ao ritmo de tambores, em aulas ao ar livre. Educava e catequizava; defendia os indígenas dos abusos dos colonizadores portugueses.
A pé ou de barco, Anchieta viajou pelo País inaugurando missões e dando aulas de catequese, gramática e conhecimentos gerais aos índios, colonos e por vezes, até padres.
Das mãos de Pe. Manoel da Nóbrega, o jovem noviço, poucos meses depois da chegada, recebeu a incumbência de fundar um colégio no planalto, com o objetivo de expandir a missão mais adentro da selva. Anchieta logo partiu juntamente com outros companheiros jesuítas. No dia 25 de janeiro de 1554, festa litúrgica da conversão do apóstolo São Paulo, os jesuítas celebraram pela primeira vez a Eucaristia no chamado Planalto de Piratininga. O novo colégio foi dedicado ao Apóstolo dos Gentios. E São Paulo se tornou uma das maiores cidades do mundo.
Os 44 anos em que Anchieta viveu no Brasil foram repletos de dificuldades. Começando pela enfermidade, sua missão implicou em inúmeros riscos de morte. Uma das situações mais arriscadas da vida de Anchieta foi o exílio que viveu em Iperoig, atual cidade de Ubatuba. Em maio de 1563, com o apoio dos franceses, a tribo dos Tamoios se rebelou contra a colonização portuguesa. O jovem missionário se ofereceu como refém enquanto seu superior, Pe. Manoel da Nóbrega, partiu para São Vicente, para negociar um utópico, mas alcançado tratado de paz. Naquele lugar, o apóstolo, aos 29 anos de idade, experimentou um dos momentos mais difíceis de sua existência. Durante seu cativeiro na praia, recebia frequentes ameaças de morte e tentações contra a castidade; era comum aos índios oferecerem mulheres aos prisioneiros, antes de sua morte. Naquele momento de imensa solidão, o jesuíta fez uma promessa a Nossa Senhora: escreveria o mais belo poema já feito em sua homenagem se conseguisse sair casto do cativeiro. Como prova da fé, começou a escrever os versos na areia da praia e assim surgiu o “Poema à Virgem”, em que relata a história da Mãe de Deus. Após cinco meses de confinamento, Anchieta foi libertado. Sem ter cedido à tentação.
"Virgem Maria, Mãe de Deus e nossa Mãe,
ao vosso Coração Imaculado nos consagramos,
em ato de entrega total ao Senhor.
Por Vós seremos levados a Cristo.
Por Ele e com Ele seremos levados ao Pai.
Caminharemos à luz da fé e faremos tudo
para que o mundo creia que Jesus Cristo
é o Enviado do Pai.
Com Ele queremos levar o Amor e a Salvação até
aos confins do mundo.
Sob a proteção do vosso Coração Imaculado
seremos um só povo com Cristo.
Seremos testemunhas da Sua ressurreição.
Por Ele seremos levados ao Pai, para glória da
Santíssima Trindade, a Quem adoramos,
louvamos e bendizemos.
Amém."
— CONSAGRAÇÃO AO IMACULADO CORAÇÃO DE MARIA