A história começa com um garoto chamado Marche, que se mudou para a cidade de St. Ivalice. Um dia, na sua nova escola, ele participa de uma luta de bola de neve. Conhecendo assim, Ritz e Mewt. Mais tarde, Mewt e Ritz vão para à casa de Marche e conhecem o seu irmão Doned, que possui uma doença de nascença, que faz com que ele permaneça em uma cadeira de rodas. Na visita, Mewt leva um estranho livro que ele pegou da biblioteca com estranhas inscrições. Após irem embora, durante aquela noite, o livro começa a brilhar, e como mágica, a cidade de St. Ivalice se transforma no país Ivalice, dentro do jogo de Final Fantasy. Marche acorda no meio da cidade de Cyril, e sem saber o que aconteceu, acaba se envolvendo em uma briga com um Bangaa (uma das raças do jogo), descobrindo assim, que é um Soldado (classe de humano). É salvo por Montblanc, e os dois se tornam grandes amigos. Após algumas batalhas, Marche percebe que os monstros da região se tornaram estranhamente selvagens devido aos cristais de Ivalice. Após derrotar alguns monstros e o Totema guardião do primeiro cristal, a imagem de Mewt aparece e pede para ele não destruir mais nenhum cristal e Marche descobre que se destruir os 5 cristais mágicos, aquele mundo de Ivalice poderia se transformar novamente na cidade de St. Ivalice. Mais tarde, após destruir outros cristais, Marche fica sabendo que Mewt é o príncipe de Ivalice, sua mãe (que é falecida no mundo real) é a rainha e seu pai Cid é o Judgemaster (juiz mestre de todos os juízes). Então descobre-se que Final Fantasy não se passa de um jogo em que os desejos de várias pessoas se tornaram realidade: Marche agora tem amigos, Ritz está com o seu cabelo vermelho natural (era branco no mundo real), Doned (irmão tetraplégico de Marche) pode andar e correr e Mewt tem a sua mãe ao seu lado. Por isso todos querem ficar em Ivalice menos Marche que deseja voltar tudo ao normal e a única maneira pra isso é convencer todos e destruir os Totemas que sustentam Ivalice.