Yugi Muto, um novato na Escola Domino, ganhou o Enigma do Milênio em peças por seu avô, Solomon Muto. Quando ele resolve o enigma, seu corpo torna-se hospedeiro de um Faraó Egípcio de 5000 anos. O Faraó sacrificou sua vida e selou sua alma no Enigma do Milênio para impedir o Deus Obscuro, Zorc Necrophades, de destruir o mundo.
Há duas "câmaras" na mente de Yugi. Uma pertence a uma criança inocente, e a outra ao mais velho Yami Yugi do Enigma do Milênio. Quando Yugi precisa de ajuda ou vai começar um jogo, o espírito do Faraó toma conta de seu corpo.
Por causa da freqüente interação entre os dois personagens, Yugi refere-se ao Faraó como "Outro Eu". Yami Yugi. Depois que Yugi e seus amigos descobrem que Yugi é o espírito do Faraó Yatimu, eles começam a referir-se a ele como "Faraó".
Um adolescente médio, Yugi tem o coração puro e infantil. Ele mora junto de seu avô na Loja de Jogos Kame. O monstro favorito de Yugi é seu fiel Mago Negro.
Os melhores amigos de Yugi são Joey Wheeler, Tristan Taylor e Téa Gardner.