Foi mandado pela organização Akatsuki para capturar o Kazekage, Gaara, o jinchuuriki do Ichibi. Depois de estudar seu oponente, consegue derrotá-lo, apesar de sair sem um braço, já que o subestimou. Junto com Sasori eles seguem para o esconderijo da Akatsuki onde começam a extrair o bijuu de Gaara. Depois de extraído, ele decide ficar com o Ichibi, indo contra as ordens de Sasori. Foge com ele, só que o jinchuuriki da Kyuubi, Uzumaki Naruto, e o ninja conhecido como Sharingan no Kakashi, Hatake Kakashi, o seguem. Eles conseguem resgatar o Gaara, fazendo com que Deidara fique sem argila e sem o outro braço. Ele se vê em desvantagem, já que oito ninjas o cercam (outros ninjas de Konoha aparecem), por isso rapidamente se esconde no chão, faz um Jibaku Bunshin (clone de argila), que explode. Assim ele continua vivo. Encontra Tobi mexendo no seu braço, o que o deixa furioso. Com a morte de Sasori, parte numa missão com Tobi para capturar o Bijuu de três caudas, Sanbi. A luta contra o monstro foi mais fácil do que o esperado, onde eles derrotam-no. Tobi quer o crédito todo para ele, mas Deidara o lembra que a sua arte ajudou a derrotar o Bijuu. Tobi dorme, o que irrita Deidara.

Deidara usa para a sua luta sua argila. É uma argila normal, guardada dentro de uma mochila, sempre ao lado do ninja. Com as duas bocas que tem nas suas mãos, Deidara modela a argila, colocando o seu chakra modificado dentro. Esse bicho, cuspido depois, tem a forma de algum animal (normalmente uma ave). Com um selo de mão, Deidara faz esse bicho aumentar de tamanho, o controlando a partir de seu chakra. Assim que ele quiser, seu animal explode. Essa é sua técnica Kibaku Nendo, própria do Deidara. Os modelos que mais gosta, como o número 6 (um pássaro gigante) e o #18, são modelados antes. Ele apenas coloca seu chakra neles, os explodindo. Consegue atirar pequenas aves longe, conseguindo se distanciar com facilidade do oponente, enquanto voa em cima de um pássaro de argila. A partir dessa técnica, cria o Jibaku Bunshin. Considera a explosão como a sua arte suprema, algo sublime, um momento único.