Um filme de longa-metragem, A Morte de Naruto, baseado na série Naruto: Shippuden, foi lançado em 4 de agosto de 2007. Os episódios 24 ao 27 incluíram cenas do filme em ambos os temas de abertura e encerramento, enquanto mantinha a música original.
O segundo filme de longa-metragem, Laços, que é baseado na série Naruto: Shippuden, foi lançado em 2 de agosto de 2008. Os episódios 70 a 73 incluíram cenas do filme nos temas de abertura, enquanto mantinha a música original.
O terceiro filme de longa-metragem, Herdeiros da Vontade do Fogo, que é baseado na série Naruto: Shippuden, foi lançado em 1 de agosto de 2009. Os episódios 119 a 124 incluíram cenas do filme nos temas de abertura, enquanto mantinha a música original.
O quarto filme de longa-metragem, A Torre Perdida, que é baseado na série Naruto: Shippuden, foi lançado em 31 de Julho de 2010. Os episódios 170 e 171 foram criados especialmente para a divulgação do filme e os episódios 172 a 175 incluíram cenas do filme nos temas de abertura, enquanto mantinha a música original.
O quinto filme de longa-metragem, Naruto Shippuden O Filme 5: A Prisão de Sangue, que é baseado na série Naruto: Shippuden, será lançado junto com o OVA em Junho de 2011. Posteriormente possa ser lançado na saga caçada ao Uchiha Sasuke ou em alguns dos episódios Fillers ou ainda quando Naruto treina com Killer Bee para domar a Kyuubi. Nesse movie Naruto é capturado e acusado na tentativa de assassinar Raikage, líder da Kumogakure, assim como a matança do Jonin Kirigakure e Iwagakure, Naruto é preso em Hōzukijou: Um mecanismo de contenção criminal conhecida como Prisão de Sangue. Mui, o mestre do castelo, utiliza a técnica de prisão definitiva para roubar o poder dos presos, que é quando Naruto nota a sua vida tem sido alvo. Assim começa a batalha para descobrir a verdade por trás dos assassinatos misteriosos e provar a inocência de Naruto.