A flor do pequi é exótica, extremamente delicada e frágil e tem um cheiro particularmente curioso. As flores são amarelas e se desgrudam a qualquer vento para longe do caule. Neste desgrudar, soltam uma nódua e deixam no ar um cheiro de esperma. Suas flores são hermafroditas, compostas por cinco pétalas esbranquiçadas, livres entre si, com numerosos e vistosos estames (masculinos).
O pequizeiro floresce durante os meses de agosto a novembro, com frutos madurando a partir de setembro (normalmente novembro) até o início de fevereiro.
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