FullMetal Alcheimist conta a história de dois irmãos: Edward e Alphonse
Elric, eles tentam recuperar seus corpos, já que os perderam na tentativa de
ressuscitar sua mãe, que morrera misteriosamente quando eles haviam 8 e 7 anos.

Edward e Alphonse moravam com sua mãe apenas, já que seu pai fora embora para se alistar ao exército como alquimista federal. Eles começaram a estudar alquimia com os livros de seu pai, assim faziam sua mãe feliz, pois ela sempre se lembrava do pai deles.

Quando tentaram reviver sua mãe, algo deu errado e Edward perdeu parte de sua perna esquerda e Alphonse o corpo todo, para salvar a alma de Alphonse, Edward trocou seu braço direito e o colocou em uma armadura.

Após o incidente o Tenente Coronel Roy Mustanq apareceu na casa deles e ficou impressionado por terem sobrevivido à alquimia humana e chamou Edward para se tornar um alquimista federal, Edward passou aos 12 anos no teste de Alquimia Federal e recebeu o título de Alquimista FullMetal.

Três anos depois nossa história começa pra valer, Edward agora com 15 anos e Alphonse com 14 anos, na busca pela Pedra Filosofal, uma pedra que pode criar objetos do nada, que Edward acredita que possa trazer seus corpos de volta.